Le barachois de Malbaie est un vaste et riche milieu de 11 km2 qui présente une diversité biologique remarquable. Les eaux douces des rivières Murphy, Du Portage, Beattie et Malbaie qui alimentent le barachois se mélangent harmonieusement avec les eaux salées amenées par la marée. Le milieu foisonne de vie et présente des caractéristiques surprenantes. 

On y retrouve des plantes rares et des groupements végétaux qui sont susceptibles d'être désignés menacés ou vulnérables. On pense au Triglochin Gaspense dont la population est l'une des plus importantes au Québec et à la très rare Gaylussacia Dumosa var. bigeloviana

La faune n'est pas en reste puisque près de 200 espèces d'oiseaux ont été notées à ce jour dont certaines particulièrement intéressantes comme : le Râle jaune et le Bruant de Nelson. Tous les guides ornithologiques mentionnent l'intérêt de visiter le secteur.

On dénombre par ailleurs 25 espèces de poissons dans les différentes zones du Barachois de Malbaie. Allant des tout-petits Choquemort, Fondules barré et Épinoches, si importants dans la chaîne alimentaire, au plus appréciés des sportifs comme le Saumon de l'atlantique et même de Bar rayé.

Contrairement à d'autres barachois, celui de Malbaie a été relativement peu touché par les activités humaines. Il est situé dans une zone peu densément peuplée et les travaux d'aménagement du réseau routier des années passées n'ont pas eu d'effets dévastateurs.

C'est ce milieu naturel exceptionnel qu'il est important de conserver avec en arrière-plan les montagnes, les falaises abruptes, le Rocher-Percé et l'Île Bonaventure.

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